Penyelenggaraan Pondok Pesantren Nashrus Sunnah didasarkan pada tujuan-tujuan berikut:
- Berperan aktif dalam mencerdaskan kehidupan bangsa melalui pendidikan pondok pesantren.
- Menjawab poblematika ummat terhadap krisis aqidah, akhlaq, dan adab di kalangan generasi muda.
- Menyelenggarakan kegiatan pendidikan berbasis keagamaan yang berkualitas untuk seluruh lapisan masyarakat.
- Menjadikan lembaga pendidikan berciri khas pesantren yang mampu mencetak lulusan berprestasi baik dalam bidang keagamaan maupun bidang umum.
- Membentuk generasi muslim cikal bakal sebaik-baik manusia yang banyak memberi manfaat.
- Mewujudkan terbentuknya masyarakat Islam yang kuat dalam berilmu dan beramal, berdasarkan Qur’an, Sunnah Rasulillah, dan pemahaman para Salafus Shalih.